新版GSP的重點變化是：一項管理手段、強化兩個重點環節、突破三個難點問題。一項管理手段就是實施企業計算機管理信息系統，兩個重點環節就是藥品購銷渠道和倉儲溫濕度控制，三個難點就是票據管理、冷鏈管理和藥品運輸。以下擷取與藥店相關條款加以對比。
人員與培訓不同點
1.從事質量管理工作人員資質
舊版GSP：
應具有藥學或相關專業的學歷，或者具有藥學專業技術職稱。
新版GSP：
要求更具體：應當具有藥學中專或醫學、生物、化學等相關專業大學專科以上學歷或者具有藥學初級以上專業技術職稱。
2.從事驗收、養護工作人員資質
舊版GSP：
應具有相應的學歷或一定的文化程度。
新版GSP：
要求更具體：應當具有藥學或醫學、生物、化學等相關專業中專以上學歷或者具有藥學初級以上專業技術職稱。
3.從事中藥材、中藥飲片驗收及養護工作人員資質
舊版GSP：無
新版GSP：
增加從事中藥材、中藥飲片驗收及養護工作人員資質：
從事中藥材、中藥飲片驗收工作的，應當具有中藥專業中專以上學歷或具有中藥學中級以上專業技術職稱;
從事中藥材、中藥飲片養護工作的，應當具有中藥專業中專以上學歷或具有中藥學初級以上專業技術職稱;
直接收購地產中藥材的，驗收人員應當具有中藥學中級以上專業技術職稱。
4.從事采購、銷售、儲存工作人員資質
舊版GSP：無
新版GSP：
增加采購、銷售、儲存人員的任職資質：從事采購工作的人員應當具有藥學或醫學、生物、化學等相關專業中專以上學歷，從事銷售、儲存等工作的人員應當具有高中以上文化程度。
計算機系統不同點
舊版GSP：無
新版GSP：
提高要求：企業應當建立能夠經營全過程管理及質量控制要求的計算機系統，實現藥品質量可追溯，并滿足電子監管的實施要求。
企業計算機系統應當符合以下要求：
1.有支持系統正常運行的服務器和終端機;
2.有安全穩定的網絡環境，有固定接入互聯網的方式和安全可靠的信息平臺;
3.有實現部門之間、崗位之間信息傳輸和數據共享的局域網;
4.有藥品經營業務票據生成、打印和管理功能;
5.有符合本規范要求及企業管理實際需要的應用軟件和相關數據庫。
各類數據的錄入、修改、保存等操作應符合授權范圍、操作規程和管理制度的要求，保證數據原始、真實、準確、安全和可追溯。
見第60條：計算機系統運行中涉及企業經營和管理的數據應當采用安全、可靠的方式儲存并按日備份，備份數據應當存放在安全場所。
收貨與驗收不同點
1.驗收時抽樣的具體要求
舊版GSP：
驗收抽取的樣品應具有代表性。
新版GSP：
更明確：同一批號的藥品應當至少檢查一個最小包裝，但生產企業有特殊質量控制要求或打開最小包裝可能影響藥品質量的，可不打開最小包裝;
破損、污染、滲液、封條損壞等包裝異常以及零貨、拼箱的，應當開箱檢查至最小包裝;
外包裝及封簽完整的原料藥、實施批簽發管理的生物制品，可不開箱檢查。
2.驗收記錄所列內容
舊版GSP：無
新版GSP：
驗收藥品應當做好驗收記錄，包括藥品的通用名稱、劑型、規格、批準文號、批號、生產日期、有效期、生產廠商、供貨單位、到貨數量、到貨日期、驗收合格數量、驗收結果等內容。驗收人員應當在驗收記錄上簽署姓名和驗收日期。
中藥材驗收記錄應當包括品名、產地、供貨單位、到貨數量、驗收合格數量等內容。中藥飲片驗收記錄應當包括品名、規格、批號、產地、生產日期、生產廠商、供貨單位、到貨數量、驗收合格數量等內容，實施批準文號管理的中藥飲片還應當記錄批準文號。
3.實施電子監管藥品的要求
舊版GSP：無
新版GSP：
對實施電子監管的藥品，企業應當按規定進行藥品電子監管碼掃碼，并及時將數據上傳至中國藥品電子監管網系統平臺。企業對未按規定加印或加貼中國藥品電子監管碼，或監管碼的印刷不符合規定要求的，應當拒收。監管碼信息與藥品包裝信息不符的，應當及時向供貨單位查詢，未得到確認之前不得入庫，必要時向當地藥品監督管理部門報告。
儲存與養護不同點
1.藥品儲存要求
舊版GSP：共7點(見第41條)
新版GSP：
增加及改變內容：儲存藥品相對濕度為35%～75%;在人工作業的庫房儲存藥品，按質量狀態實行色標管理：合格藥品為綠色，不合格藥品為紅色，待確定藥品為黃色;儲存藥品應當按照要求采取避光、遮光、通風、防潮、防蟲、防鼠等措施;藥品按批號堆碼，不同批號的藥品不得混垛，垛間距不小于5厘米，與庫房內墻、頂、溫度調控設備及管道等設施間距不小于30厘米，與地面間距不小于10厘米;藥品與非藥品、外用藥與其他藥品分開存放，中藥材和中藥飲片分庫存放;特殊管理的藥品應當按照國家有關規定儲存;拆除外包裝的零貨藥品應當集中存放;儲存藥品的貨架、托盤等設施設備應當保持清潔，無破損和雜物堆放;未經批準的人員不得進入儲存作業區,倉儲作業人員不得有影響藥品質量和安全的行為;藥品儲存作業區內不得存放與儲存管理無關的物品。)
刪除內容：易串味的藥品、危險品等應與其他藥品分開存放;麻醉藥品、一類精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品應當專庫或專柜存放，雙人雙鎖保管，專帳記錄。
2.養護工作內容
舊版GSP：共9點
新版GSP：
增加內容：對儲存條件有特殊要求的或有效期較短的品種應當進行重點養護;發現有問題的藥品應當及時在計算機系統中鎖定和記錄，并通知質量管理部門處理;
刪除內容：對由于異常原因可能出現質量問題的藥品和在庫時間較長的中藥材，應抽樣送檢;負責養護用儀器設備、溫濕度檢測和監控儀器、倉庫在用計量儀器及器具等的管理工作;建立藥品養護檔案)
3.計算機系統對庫存藥品的有效期進行自動跟蹤和控制
舊版GSP：無
新版GSP：
企業應當采用計算機系統對庫存藥品的有效期進行自動跟蹤和控制，采取近效期預警及超過有效期自動鎖定等措施，防止過期藥品銷售。
4.藥品破損、泄漏時的處理措施
舊版GSP：無
新版GSP：
藥品因破損而導致液體、氣體、粉末泄漏時，應當迅速采取安全處理措施，防止對儲存環境和其他藥品造成污染。
5.對質量可疑藥品的處理
舊版GSP：無
新版GSP：
對質量可疑的藥品應當立即采取停售措施，并在計算機系統中鎖定，同時報告質量管理部門確認，且應當采取以下措施：存放于標志明顯的專用場所，并有效隔離，不得銷售;懷疑為假藥的，及時報告藥品監督管理部門;屬于特殊管理的藥品，按照國家有關規定處理;不合格藥品的處理過程應當有完整的手續和記錄;對不合格藥品應當查明并分析原因，及時采取預防措施。
6.定期盤點
舊版GSP：無
新版GSP：
企業應當對庫存藥品定期盤點，做到賬、貨相符。
銷售不同點
1.購貨單位的審核
舊版GSP：
第50條：企業應依據有關法律、法規和規章，將藥品銷售給具有合法資格的單位。
新版GSP：
更明確具體：企業應當將藥品銷售給合法的購貨單位，對購貨單位的證明文件、采購人員及提貨人員的身份證明進行核實;第92條：企業應當嚴格審核購貨單位的生產范圍、經營范圍或診療范圍，并按照相應的范圍銷售藥品。
2.銷售票據、銷售記錄管理
舊版GSP：
第53條：銷售應開具合法票據，并按規定建立銷售記錄，做到票、帳、貨相符。銷售票據和記錄應按規定保存。
新版GSP：
更明確具體：企業銷售藥品，應當如實開具發票，做到票、賬、貨、款一致。第94條：銷售記錄應當包括藥品的通用名稱、規格、劑型、批號、有效期、生產廠商、購貨單位、銷售數量、單價、金額、銷售日期等內容。中藥材銷售記錄應當包括品名、規格、產地、購貨單位、銷售數量、單價、金額、銷售日期等內容;中藥飲片銷售記錄應當包括品名、規格、批號、產地、生產廠商、購貨單位、銷售數量、單價、金額、銷售日期等內容。
3.藥品營銷宣傳
舊版GSP：
第55條：藥品營銷宣傳應嚴格執行國家有關廣告管理的法律、法規，宣傳的內容必須以國家藥品監督管理部門批準的藥品使用說明書為準。
新版GSP：無
售后服務不同點
舊版GSP：
第56條：對質量查詢、投訴、抽查和銷售過程中發現的質量問題要查明原因，分清責任，采取有效的處理措施，并做好記錄。
新版GSP：
增加內容：企業應當按照質量管理制度的要求，制定投訴管理操作規程，內容包括投訴渠道及方式、檔案記錄、調查與評估、處理措施、反饋和事后跟蹤等。見第121條：企業應當協助藥品生產企業，履行召回義務，按照召回計劃的要求及時傳達、反饋藥品召回信息，控制和收回存在安全隱患的藥品，并做好召回記錄。
附則——首營品種定義不同點
舊版GSP：
第57條：企業已售出的藥品如發現質量問題，應向有關管理部門報告，并及時追回藥品和做好記錄。本企業向某一藥品生產企業首次購進的藥品。
新版GSP：
本企業首次采購的藥品。
